P99 – Analys av den initiala smittspridningen av SARS-CoV-2 till och inom Sverige

9. Smittspridning

Robert Dyrdak1, 2, Malin Grabbe1, 2, Sandra Broddesson2, Tanja Normark1, 3, Niklas Svedberg1, Natalija Gerasimcik1, Lynda Eneh1, Emma B. Hodcroft4, 5, Richard A. Neher5, 6, Jan Albert1, 2

1 Klinisk mikrobiologi, Karolinska Universitetslaboratoriet, Stockholm, Sverige
2 Institutionen för Mikrobiologi, Tumör- och Cellbiologi (MTC), Karolinska Institutet, Stockholm, Sverige
3 Clinical Genomics Stockholm, Science for Life Laboratory, Stockholm, Sverige
4 Institute of Social and Preventive Medicine (ISPM), University of Bern, Bern, Schweiz
5 Swiss Institute of Bioinformatics, Lausanne, Schweiz
6 Biozentrum, University of Basel, Basel, Schweiz

Bakgrund: Arbetet undersöker den initiala smittspridningen av SARS-CoV-2 i Sverige och varifrån viruset kan ha importerats.

Metod: För att undersöka eventuellt dold cirkulation av SARS-CoV-2 i samhället analyserades sparade luftvägsprov på Klinisk Mikrobiologi, Karolinska Universitetslaboratoriet tagna vecka 6-14 2020 och som inte tidigare hade analyserats för SARS-CoV-2.

För molekylärepidemiologiska analyser nedladdades samtliga virussekvenser provtagna globalt t.o.m. 2020-06-01 från GISAID. Vi genererade även nya helgenomsekvenser från ett urval av svenska SARS-CoV-2-positiva prov baserat på: virusnivå, provtagningsvecka, patientens ålder, reseanamnes samt prov tagna på äldreboenden. Information om smittland för svenska sekvenser inhämtades från SMInet.

Alla sekvenser analyserades med programmet Nextclade för mutationer jämfört med referenssekvensen Wuhan-Hu-01. Fylogenetisk analys utfördes med Nextstrains pipeline augur för samtliga svenska sekvenser med ett urval av det globala datasetet som jämförelsematerial.

Resultat: Vi utförde SARS-CoV-2-PCR på 1 979 luftvägsprov tagna veckorna 6-14 2020. För positiva prov utfördes sekvensering och uppgift om reseanamnes inhämtades från behandlande läkare.

Datasetet från GISAID omfattade knappt 125 000 internationella sekvenser, inklusive knappt 700 svenska sekvenser. Till detta fogades de nya svenska sekvenserna vilket gav ett dataset om totalt 1 350 svenska sekvenser. Uppgift om utlandssmitta fanns för drygt 100 sekvenser. Sekvenserna tillhörde de sex Nextstrain-genotyperna 19A-20D. Inom varje genotyp identifierades kluster dominerade av svenska sekvenser. För dessa kluster analyserades deras troliga ursprung och tidpunkt för introduktion till Sverige samt deras spridningsmönster i landet.

Slutsats: Genotyp 20C dominerade bland de svenska sekvenserna. Analysen kommer att kunna ge indikation på varifrån virus huvudsakligen importerades och hur det spreds i landet.