2. Genotypiska tester

Mutationer i virus arvsmassa som orsakar resistens har identifierats genom jämförelse av DNA sekvenser från känsligt och resistent virus och in vitro mutagenes.

Vid misstanke om resistens kan det vara enklare att sekvensbestämma virusets arvsmassa än att utföra en fenotypisk test. Man kan sekvensera de genomområden där man vet att förändringar som medför resistens finns, men enklare metoder för att på visa punktmutationer är under utarbetande. De gener som är aktuella är i första hand tymidinkinasgenen för HSV och pUL97 (proteinet fosforylerar gancilovir) för CMV. Det finns även mutationer påvisade i polymerasgenen för både HSV och CMV. De genotypiska testerna görs oftast på isolerat virus, men även patientmaterial som innehåller virusgenom kan användas.

Fördelar med de genotypiska testerna är att även icke viabelt virus kan analyseras. Ofta kan originalmaterial från patienten användas, och genom detta undviks selektion av en vissa virusstammar under uppodling och resistenstestning. Undersökningarna går relativt fort att utföra, speciellt om man kan inrikta sig på ett begränsat antal mutationer, och kan då också bli förhållandevis billiga.

Nackdelar är att man inte säkert har identifierat alla resistensgivande mutationer, och att det ibland kan vara svårt att fastställa hur enskilda mutationer och kombinationer av mutationer påverkar känsligheten.

För CMV kan en genotypisk test vara att föredra då CMV växer långsamt. Vid frågeställning om ganciclovirresistens bör genotypiskt test användas först. Cirka 98 % av ganciklovirresistenta stammar har muterat pUL97 som kan påvisas med en genotypisk test. Om patienten har behandlats med olika antiviraler och korsresistens kan ha uppkommit är en fenotypisk test att föredra.

På sls.se använder vi cookies för att din upplevelse ska bli så bra som möjligt. Genom att fortsätta använda vår webbplats accepterar du att cookies används.